Nunca um para simplesmente aceitar a derrota, Cortex decide obter alguma ajuda para derrotar Crash Bandicoot e assumir o mundo. Ele encontrou seu caminho em uma dimensão diferente e encontrou-se com um aspirante a conquistador muito parecido com ele: ele é curto, teimoso e tem um arqui-inimigo que sempre lança seus planos. Ele é o malvado feiticeiro Ripto, e ele está tentando se livrar de Spyro o Dragão para governar os reinos do dragão mágico. Cortex junta forças com Ripto e ele modifica geneticamente os sequazes de Ripto, os Riptocs, para torná-los mais fortes. A fim de enganar seus inimigos em lutar uns com os outros, Cortex e Ripto disfarçar os Riptocs como bandicoots e dragões e enviá-los para aterrorizar os heróis.

Quando Coco e Aku Aku descobrem os Riptocs disfarçados de dragões, eles chamam Crash para ajudar a se livrar deles. Aku Aku junta Crash ao longo do caminho e eles logo se deparar com um dragão roxo que tem sido a luta fora bandicoot esque Riptocs. Mistaking Crash para um de seus inimigos, Spyro tenta derrubá-lo, só para perceber que ele não é exatamente o mesmo que o Riptocs ele tem lutado. Aku Aku explica sua situação e eles chegam à conclusão de que Cortex e Ripto uniram forças.

Crash e Spyro tornam-se aliados e se propuseram a derrotar a dupla do mal, tirando o inimigo do outro e mudando mundos no processo.