É um dia ensolarado em Wumpa Island e Crash está pegando alguns raios enquanto cochilando em uma rede. Ele logo tem uma visão projetada em seu cérebro marsupial. O que primeiro parece ser um sonho é então revelado como Aku Aku, comunicando telepaticamente com Crash de longe. Ele diz a Crash que ele precisa acordar, porque o Dr. Neo Cortex está nisso de novo, e desta vez ele corrompeu o poder Tiki das ilhas para transformar as criaturas nativas em monstros.

Enquanto isso, Cortex e Uka Uka realizar uma reunião em sua sede mal. Cortex revela seu plano e os planos para um chamado Robô Doominator, que será usado para destruir Wumpa Island e livrar-se dos bandicoots, finalmente. Cortex dá N. Gin, Tiny, Nina e Dingodile o trabalho de roubar Wumpa Island de seus recursos para construir este robô gigante. Uka Uka está satisfeito, mas ele sabe que eles terão que se livrar de Crash antes de mais nada. Com Coco, Crunch e Aku Aku capturados, ele é o único deixado lá fora. Dando Aku Aku um gosto de sua própria medicina, Uka Uka trancou-o com um duplo propósito - para impedi-lo de frustrar seus planos e atrair Crash em uma armadilha.

Crash dirige-se para encontrar Aku Aku quando ele é eventualmente confrontado pelo próprio Cortex. Eles se envolvem em uma briga, mas Cortex perde miseravelmente, muito para o desânimo posterior de Uka Uka. Quando Cortex retorna ao seu covil mal, Uka Uka revela-lhe que ele foi demitido. Sua sobrinha Nina tomará seu lugar, e ela planeja usar o intelecto de Coco para ajudá-la a terminar o Robô Dominador.Ambos Coco e Crunch são levados como isca para Crash.

Quando Crash finalmente liberta Aku Aku, ele conta tudo sobre o novo exército mutante de Cortex. Com sua ajuda, Crash pode seqüestrar a mente dessas criaturas e controlá-los depois que ele bate-los. Vai ser um passeio acidentado, mas Crash e Aku Aku vai ver sua missão de resgate até o fim.