Tudo é pacífico em Wumpa Island e Crash é apenas sair com sua família fora em um momento de lazer.Não mais cedo eles seriam rudemente interrompidos pelo cientista barbudo usual, o Dr. Neo Cortex.Pagando uma visita aos bandicoots em seu dirigível, Cortex obnoxiously anuncia seu retorno "triunfante".Aku Aku, amigo dos bandidos, se oferece para lhe mostrar uma coisa ou duas, mas ele e Coco ficam presos em gaiolas em um momento de distração. Como eles são levados pela aeronave, Crunch é baleado por um laser que o aprisiona no gelo. Enquanto Cortex começa com os prêmios capturados, Crash consegue sacudir a gaiola de Aku Aku.

Depois de Crash liberta Aku Aku, os dois se encontram lutando criaturas mutantes estranhas de grandes proporções. Felizmente para eles, Crash pode controlar essas criaturas com a ajuda dos poderes místicos de Aku Aku. Os dois finalmente chegam ao Templo sagrado de Mojo, onde observam a aeronave do Cortex.É lá que eles aprendem Cortex e Uka Uka estão roubando todos os Mojo do templo para que eles possam fazer seus mutantes maior, mais cruel e mais forte. Cortex, em seguida, revela que ele planeja usar sua nova geração de mutantes para construir o maior dispositivo que ele já construiu - um robô de tamanho ilha chamado "The Doominator".

Cabe a Crash e Aku Aku resgatar Coco, lutar contra o exército mutante do Cortex e parar o Doominator de ser terminado. Mas como eles partiram em sua jornada, Uka Uka finalmente decide que Cortex é muito incompetente para trazer seu plano para fruição e anuncia sua substituição ...